Открыть главное меню

Изменения

Поиск повторов в ДНК на основе ОСАМ

2228 байтов добавлено, 16:13, 29 августа 2009
→‎Алгоритм с учётом индексации
* Загрузить входные файлы последовательностей.
* ''Подсчитать и сохранить в памяти коэффициенты разложения всех подпоследовательностей 1-ой последовательности по выбранному ОНБ.''* ''Подсчитать и сохранить в памяти нормы всех векторов коэффициентов разложения этих подпоследовательностей.''* По всем ''сохранённым коэффициентам разложения подпоследовательностей '' 1-ой последовательности:
** По всем подпоследовательностям 2-ой последовательности:
*** Подсчитать коэффициенты разложения подпоследовательности 2-ой последовательности по выбранному ОНБ.
*** Поделить подсчитанное расстояние на сумму норм векторов коэффициентов.
*** Сохранить подсчитанное значение как (i, j)-ый элемент матрицы гомологии.
* Записать матрицу гомологии в выходной файл.
 
=== Алгоритм с учётом параллелизма ===
 
* Загрузить входные файлы последовательностей.
* ''Создать требуемое число M вычислительных потоков, далее, для каждого из них:''
** ''Подсчитать и сохранить в памяти коэффициенты разложения своей <m>\frac{1}{M}</m>-ой части подпоследовательностей 1-ой последовательности по выбранному ОНБ.''
** ''Подсчитать и сохранить в памяти нормы своей <m>\frac{1}{M}</m>-ой части векторов коэффициентов разложения этих подпоследовательностей.''
* ''Создать требуемое число M вычислительных потоков, далее, для каждого из них:''
** ''По своей <m>\frac{1}{M}</m>-ой части сохранённых коэффициентов разложения подпоследовательностей 1-ой последовательности'':
*** По всем подпоследовательностям 2-ой последовательности:
**** Подсчитать коэффициенты разложения подпоследовательности 2-ой последовательности по выбранному ОНБ.
**** Вычислить норму вектора коэффициентов разложения подпоследовательности 2-ой последовательности.
**** Подсчитать L<sub>2</sub>-расстояние между векторами коэффициентов разложения подпоследовательностей.
**** Поделить подсчитанное расстояние на сумму норм векторов коэффициентов.
**** Сохранить подсчитанное значение как (i, j)-ый элемент матрицы гомологии.
* Записать матрицу гомологии в выходной файл.