Изменения

Поиск повторов в ДНК на основе ОСАМ

731 байт добавлено, 16:18, 29 августа 2009
«Наивный» алгоритм
* Подсчитать сетку Гаусса (то есть, корни n+1-ой функции базиса).
* Подсчитать весовые и нормировочные коэффициенты.
 
=== Алгоритм разложения ===
«Наивный» вариант алгоритма разложения:
** В цикле по ''j = 1..n'':
*** <m>c_j = c_j + y_i \cdot f_j(x_i) \cdot r_j \cdot w_i</m>
 
Псевдокод оптимизированного с учётом векторных операций алгоритма разложения здесь не приведён по причине его объёма. Кратко можно описать два момента: во-первых, циклы сменены местами — внешний цикл идёт по коэффициентам разложения, а не по функциям базиса, и во-вторых, на всех этапах используются векторные операции — сложения, умножения, возведения в квадрат и т. п.
=== Оптимизация ===