Изыскания на тему экспрессии генов — различия между версиями

Материал из YourcmcWiki
Перейти к: навигация, поиск
м (Семейство MIAME)
(GPR)
Строка 22: Строка 22:
 
* [http://www.mathworks.com/access/helpdesk/help/toolbox/bioinfo/ref/celintensityread.html celintensityread], функция чтения CEL в Matlab.
 
* [http://www.mathworks.com/access/helpdesk/help/toolbox/bioinfo/ref/celintensityread.html celintensityread], функция чтения CEL в Matlab.
 
* [http://doc.bioperl.org/releases/bioperl-current/bioperl-microarray/Bio/Expression/MicroarrayIO/affymetrix.html Bio::Expression::MicroarrayIO::affymetrix] — парсер CEL для Perl’а.
 
* [http://doc.bioperl.org/releases/bioperl-current/bioperl-microarray/Bio/Expression/MicroarrayIO/affymetrix.html Bio::Expression::MicroarrayIO::affymetrix] — парсер CEL для Perl’а.
 +
 +
=== GPR ===
 +
 +
[http://www.moleculardevices.com/pages/software/gn_genepix_file_formats.html#gpr GPR] - формат хранения низкоуровневых данных, производимый сканером GenePix. По содержимому похож на CEL, бинарных данных не содержит (полностью текстовый), также довольно простой.
  
 
=== Семейство MIAME ===
 
=== Семейство MIAME ===

Версия 03:23, 5 марта 2010

Экспрессия генов — процесс, в котором наследственная информация от гена (последовательности нуклеотидов ДНК) преобразуется в функциональный продукт — РНК или белок.

Первая, самая простая (хотя вообще-то, не очень простая), задача анализа экспрессии генов — выявление изменений экспрессии, связанных с конкретными условиями.

Форматы

Ниже описаны некоторые общеизвестные форматы для хранения и обмена данными экспрессии генов.

Affymetrix CEL

Простой формат хранения низкоуровневых данных, а именно, изображения с ДНК-микрочипа. Ровно одного изображения. Состоит из заголовка и самого изображения. Заголовок содержит информацию о размерах, каким алгоритмом обработано, с какими параметрами и т. п. Каждая точка изображения содержит следующую информацию:

  • Яркость (возможно, усреднённая).
  • СКО яркости.
  • Количество пикселей, из которых получена усреднённая яркость.
  • Некий пользовательский флаг (точка «маскирована» или нет).
  • Флаг «является ли данная точка выбросом» (установленный алгоритмом обработки).

Заголовок хранится в INI-подобном текстовом виде (key=value), данные изображения — в бинарном виде после заголовка.

GPR

GPR - формат хранения низкоуровневых данных, производимый сканером GenePix. По содержимому похож на CEL, бинарных данных не содержит (полностью текстовый), также довольно простой.

Семейство MIAME

MIAME — аббревиатура для Minimum Information About a Microarray Experiment — «минимум информации об эксперименте на микрочипе». MIAME не является конкретным форматом, а лишь описывает, какую информацию должен включать уважающий себя эксперимент и, соответственно, уважающий себя формат, в котором передаются данные этого эксперимента.

Конкретные форматы — это 2 GEO'вских: SOFT, MINiML, и 2 MGED'шных: MAGE-ML, MAGE-TAB.

MAGE-ML «не взлетел», ибо монструозен и на «минимум информации» претендовать может разве в качестве издёвки. Причина этого кроется в том, что авторы его сильно любят UML и объектную ориентированность, что и привело к существованию 25 различных сущностей, связанных друг с другом различными отношениями (наследования и т. п.). MAGE-TAB более молодой и простой, тесктовый, взлетит ли — посмотрим, но есть подозрение, что тоже вряд ли, ибо содержит все те же данные, что и MAGE-ML (в конечном счёте всё маппится на объектный MAGE-OM), но в виде plaintext таблиц, форматированных Tab’ами. Хоть бы CSV выбрали, что ли — чего велосипед изобретать. Масла в огонь подливает и то, что различные MAGE-TAB файлы могут выглядеть совершенно по-разному в зависимости от данных, которые содержат.

Банк данных Gene Expression Omnibus использует свои форматы (правильно, они же не мазохисты) — SOFT и MINiML (второй произносится «минимал»). SOFT текстовый, а минимал — XML’ный. Данные при этом они содержат, по сути, одни и те же.

Минимал, как ни странно, действительно минимал, всё его описание влезает в несколько экранов. MINiML включает в себя всего три базовых типа объектов:

  • «Platform» — описание эксперимента (содержимое описания).
  • «Sample» — одна гибридизация.
  • «Series» — данные эксперимента, включающие в себя несколько Sample’ов.

Ссылки