Изменения

Если я все правильно понял, то по сути 1 измерение эксперимента- это сочетание набора параметров эксперимента с их значениями(в заголовке CEL файла) с матрицей "яркости"«яркости» (вот те самые загадочные символы после заголовка). Соответственно, если мы хотим, скажем, сравнить экспрессию через 1 час и через 8- у нас будут 2 CEL файла, которые будут отличаться только значением параметра "время" «время» и, разумеется, матрицами(а в GEO-данных это будет просто 1 серия с несколькими сэмплами). Далее, изменяемых параметров может быть сильно больше одного- тогда у нас из нескольких файлов можно построить некий n-мерный куб/параллелипипед, где из этих n 2 измерения- измерения — координаты точки на чипе(то есть в матрице), а остальные- остальные — значения параметров эксперимента для каждой матрицы(ну то есть если, скажем, у нас 5 измерений по времени и 3 по силе проверяемого воздействия при матрице 200*200 точек, то получатся данные 3*5*200*200). Что тут можно нарыть:* в рамках одной матрицы 100100 % должны быть "выбросы"- «выбросы» — то есть отдельные точки, которые не укладываются в общую картину эксперимента. Можно их находить и убирать- убирать — это получается задача "шумоподавления"«шумоподавления». Вопрос к биологам- а если во всех результатах эксперимента одни и те же точки являются выбросами, это представляет собой какой-то интерес или нет?* задача удаления из матрицы "фонового шума"«фонового шума» (см. выше). Тут, кстати, как раз пригодился бы ОСАМ для двумерных функций- функций — делаем разложение и смотрим, на каком шаге "хвост" «хвост» станет по распределению близок к нормальному(эту штуку у нас делал Андраник в своем дипломе, правда, для одномерного случая)* что делать с корреляцией- корреляцией — пока не очень ясно. Вопрос- Вопрос — та задача, которая интересна на данный момент(про гомоцистеин)-  — она не относится ли к "небольшое «небольшое количество генов, представляющих интерес для конкретной биологической задачи, с известными взаимодействиями между ними"ними»? Если да, то возможно, и заморачиваться не надо.* про временные зависимости, например, "закончилась «закончилась экспрессия гена А, и сразу началась экспрессия гена В"В». Это уже надо смотреть на многомерный куб- куб — там в этом случае просто "подкубики" «подкубики» для данных генов и временных участков должны быть рядом... рядом… Или если все-таки вспомнить про ОСАМ- ОСАМ — там, наверное, должны быть более сильно выражены коэффициенты при определенных полиномах(например, при 4й степени... степени… но тут очень мутно, надо проверять). Вопрос к биологам- интересны ли подобные задачи про временные зависимости?