Изменения

Если я все правильно понял, то по сути 1 измерение эксперимента — эксперимента — это сочетание набора параметров эксперимента с их значениями (в заголовке CEL файла) с матрицей «яркости» (вот те самые загадочные символы после заголовка). Соответственно, если мы хотим, скажем, сравнить экспрессию через 1 час и через 8 — 8 — у нас будут 2 CEL файла, которые будут отличаться только значением параметра «время» и, разумеется, матрицами (а в GEO-данных это будет просто 1 серия с несколькими сэмплами). Далее, изменяемых параметров может быть сильно больше одного — одного — тогда у нас из нескольких файлов можно построить некий n-мерный куб/параллелипипед, где из этих n 2 измерения — измерения — координаты точки на чипе (то есть в матрице), а остальные — остальные — значения параметров эксперимента для каждой матрицы (ну то есть если, скажем, у нас 5 измерений по времени и 3 по силе проверяемого воздействия при матрице 200*200 точек, то получатся данные 3*5*200*200). Что тут можно нарыть:* в рамках одной матрицы 100 100 % должны быть «выбросы» — «выбросы» — то есть отдельные точки, которые не укладываются в общую картину эксперимента. Можно их находить и убирать — убирать — это получается задача «шумоподавления». Вопрос к биологам- а если во всех результатах эксперимента одни и те же точки являются выбросами, это представляет собой какой-то интерес или нет?

* задача удаления из матрицы «фонового шума» (см. выше). Тут, кстати, как раз пригодился бы ОСАМ для двумерных функций — функций — делаем разложение и смотрим, на каком шаге «хвост» станет по распределению близок к нормальному (эту штуку у нас делал Андраник в своем дипломе, правда, для одномерного случая)* что делать с корреляцией — корреляцией — пока не очень ясно. Вопрос — Вопрос — та задача, которая интересна на данный момент (про гомоцистеин) — — она не относится ли к «небольшое количество генов, представляющих интерес для конкретной биологической задачи, с известными взаимодействиями между ними»? Если да, то возможно, и заморачиваться не надо.

* про временные зависимости, например, «закончилась экспрессия гена А, и сразу началась экспрессия гена В». Это уже надо смотреть на многомерный куб — куб — там в этом случае просто «подкубики» для данных генов и временных участков должны быть рядом… Или если все-таки вспомнить про ОСАМ — ОСАМ — там, наверное, должны быть более сильно выражены коэффициенты при определенных полиномах (например, при 4й степени… но тут очень мутно, надо проверять). Вопрос к биологам — биологам — интересны ли подобные задачи про временные зависимости?*: Ответ: безусловно интересны, причем, это и есть основная соль — соль — описание временных профилей экспрессии генов и взаимозависимостей между ними.

* Еще одна задача от нас, биологов: берем группу экспериментов на клеточных линиях с разными воздействиями, проводим предобработку (переход от DataSeries к DataSet), далее, ищем гены, минимально меняющие свою экспрессиию. Нужна какая-то «метрика» стабильности (коэф.вариации?). Задача важна для нас с целью использования таких генов как негативных контролях. Интересно и то, что можно её «масштабировать»: работать с данными по одной линии или нескольким, менять широту воздействий — воздействий — только гомоцистеин, гомоцистеин+другие агенты-индукторы стресса ЭР, предыдущие + другие виды стресса (тепловой, недостаток компонентов питания и ти т. дд.)[[Наши задачи]]. Важно и то, что результаты мы можем относительно легко проверить лабораторными методами (для 3-5 наиболее стабильных генов).

[[Участник:VitaliyFilippov|VitaliyFilippov]] 18:31, 12 марта 2010 (UTC) Хотелось бы внести ясность. В терминологии GEO «DataSet» — «DataSet» — не что иное, как просто набор данных. Нет у них никакого общепринятого понятия о предобработке и том, какие результаты она должна давать. Есть ли у вас какие-то понятия о «предобработке»? У меня нет никаких, кроме робкого предположения о том, что это, наверное, сравнительная эксперессия генов в ''каком-то'' виде. В ''каком'' виде — виде — пока что без понятия. Кстати, рекомендую всем прочитать [[Справка:Рекомендации|рекомендации по работе с MediaWiki]], их там чуть-чуть.