Открыть главное меню

Изменения

Изыскания на тему экспрессии генов

867 байтов добавлено, 12:07, 5 марта 2010
→‎Семейство MIAME
Конкретные форматы — это 2 [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/ GEO]'вских: [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/info/soft2.html SOFT], [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/info/MINiML.html MINiML], и 2 [http://www.mged.org/ MGED]'шных: [http://www.mged.org/Workgroups/MAGE/mage-ml.html MAGE-ML], [http://www.mged.org/mage-tab/ MAGE-TAB].
 
==== MGED ====
MAGE-ML «не взлетел», ибо монструозен и на «минимум информации» претендовать может разве в качестве издёвки. Причина этого кроется в том, что авторы его сильно любят [[rupedia:UML|UML]] и объектную ориентированность, что и привело к существованию 25 различных сущностей, связанных друг с другом различными отношениями (наследования и т. п.). MAGE-TAB более молодой и простой, тесктовый, взлетит ли — посмотрим, но есть подозрение, что тоже вряд ли, ибо содержит все те же данные, что и MAGE-ML (в конечном счёте всё маппится на объектный MAGE-OM), но в виде plaintext таблиц, форматированных Tab’ами. Хоть бы [[rupedia:CSV|CSV]] выбрали, что ли — чего велосипед изобретать. Масла в огонь подливает и то, что различные MAGE-TAB файлы могут выглядеть совершенно по-разному в зависимости от данных, которые содержат.
 
==== GEO: SOFT и MINiML ====
Банк данных [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/ Gene Expression Omnibus] использует свои форматы (правильно, они же не мазохисты) — SOFT и MINiML (второй произносится «м'''и'''нимал»). SOFT текстовый, а минимал — XML’ный. Данные при этом они содержат, по сути, одни и те же.
* «Sample» — одна гибридизация.
* «Series» — данные эксперимента, включающие в себя несколько Sample’ов.
 
Банк ''Gene Expression Omnibus'', содержит в основном сырые данные, полученные обычно либо с тех или иных микрочипов, либо методами [http://www.sagenet.org/findings/index.html SAGE] (Serial Analysis of Gene Expression), [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/genome/probe/doc/TechMPSS.shtml MPSS] (Massively Parallel Signature Sequencing). Иногда попадаются обработанные заданным алгоритмом данные, и всегда присутствует пометка, каким именно алгоритмом. Полный список типов данных, принимаемых в GEO, можно увидеть по [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/info/faq.html#kinds ссылке].
== Ссылки ==