13 531
правка
Изменения
Новая страница: «'''Экспрессия генов''' — процесс, в котором наследственная информация от гена (последовате...»
'''Экспрессия генов''' — процесс, в котором наследственная информация от гена (последовательности нуклеотидов ДНК) преобразуется в функциональный продукт — РНК или белок.
Первая, самая простая (хотя вообще-то, не очень простая), задача анализа экспрессии генов — выявление изменений экспрессии, связанных с конкретными условиями.
== Форматы ==
Ниже описаны некоторые общеизвестные форматы для хранения и обмена данными экспрессии генов.
=== Affymetrix CEL ===
Простой формат хранения низкоуровневых данных, а именно, изображения с ДНК-микрочипа. Ровно '''одного''' изображения. Состоит из заголовка и самого изображения. Заголовок содержит информацию о размерах, каким алгоритмом обработано, с какими параметрами и т. п. Каждая точка изображения содержит следующую информацию:
* Яркость (возможно, усреднённая).
* [[rupedia:Среднеквадратичное отклонение|СКО]] яркости.
* Количество пикселей, из которых получена усреднённая яркость.
* Некий пользовательский флаг (точка «маскирована» или нет).
* Флаг «является ли данная точка выбросом» (установленный алгоритмом обработки).
Заголовок хранится в INI-подобном текстовом виде (key=value), данные изображения — в бинарном виде после заголовка.
* [http://www.stat.lsa.umich.edu/~kshedden/Courses/Stat545/Notes/AffxFileFormats/cel.html Описание формата Affymetrix CEL].
* [http://www.mathworks.com/access/helpdesk/help/toolbox/bioinfo/ref/celintensityread.html celintensityread], функция чтения CEL в Matlab.
* [http://doc.bioperl.org/releases/bioperl-current/bioperl-microarray/Bio/Expression/MicroarrayIO/affymetrix.html Bio::Expression::MicroarrayIO::affymetrix] — парсер CEL для Perl’а.
=== Семейство MIAME ===
'''[http://www.mged.org/Workgroups/MIAME/miame.html MIAME]''' — аббревиатура для Minimum Information About a Microarray Experiment — «минимум информации об эксперименте на микрочипе». MIAME не является конкретным форматом, а лишь описывает, какую информацию должен включать уважающий себя эксперимент и, соответственно, уважающий себя формат, в котором передаются данные этого эксперимента.
Конкретные форматы включают в себя: [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/info/soft2.html SOFT] и [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/info/MINiML.html MINiML] ([http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/ GEO]'вские), [http://www.mged.org/Workgroups/MAGE/mage-ml.html MAGE-ML] и [http://www.mged.org/mage-tab/ MAGE-TAB] ([http://www.mged.org/ MGED]'шные).
MAGE-ML «не взлетел», ибо монструозен и на «минимум информации» претендовать может разве в качестве издёвки (DTD 150кб весит, для сравнения HTML strict 35кб). MAGE-TAB более молодой и простой, взлетит ли — посмотрим.
Банк данных [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/ Gene Expression Omnibus] использует свои форматы (правильно, они же не мазохисты) — SOFT и MINiML (второй произносится «м'''и'''нимал»). SOFT текстовый, а минимал — XML’ный. Данные при этом они содержат, по сути, одни и те же.
Минимал, как ни странно, действительно минимал, всё его описание влезает в несколько экранов. MINiML включает в себя всего три базовых типа объектов:
* «Platform» — описание эксперимента ([http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/info/depguide.html#DataTableGPL содержимое описания]).
* «Sample» — одна гибридизация.
* «Series» — данные эксперимента, включающие в себя несколько Sample’ов.
== Ссылки ==
* [[wikipedia:DNA microarray]] — статья про ДНК-микрочипы в английской Википедии.
* [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/ NCBI Gene Expression Omnibus], банк данных экспрессии генов.
* [http://www.bioconductor.org/overview/ BioConductor], система анализа микробиологических данных.
* [http://www.bepress.com/bioconductor/paper7/ Differential Expression with the Bioconductor Project] — статья о задаче выявления изменений экспрессии, возможных подходах к ней и их реализации с помощью [http://www.bioconductor.org/overview/ BioConductor]'а.
* [http://www.chemport.ru/chemical_encyclopedia_article_4451.html ЭКСПРЕССИЯ ГЕНА: статья из Химической энциклопедии]
[[Категория:Учёба]]
Первая, самая простая (хотя вообще-то, не очень простая), задача анализа экспрессии генов — выявление изменений экспрессии, связанных с конкретными условиями.
== Форматы ==
Ниже описаны некоторые общеизвестные форматы для хранения и обмена данными экспрессии генов.
=== Affymetrix CEL ===
Простой формат хранения низкоуровневых данных, а именно, изображения с ДНК-микрочипа. Ровно '''одного''' изображения. Состоит из заголовка и самого изображения. Заголовок содержит информацию о размерах, каким алгоритмом обработано, с какими параметрами и т. п. Каждая точка изображения содержит следующую информацию:
* Яркость (возможно, усреднённая).
* [[rupedia:Среднеквадратичное отклонение|СКО]] яркости.
* Количество пикселей, из которых получена усреднённая яркость.
* Некий пользовательский флаг (точка «маскирована» или нет).
* Флаг «является ли данная точка выбросом» (установленный алгоритмом обработки).
Заголовок хранится в INI-подобном текстовом виде (key=value), данные изображения — в бинарном виде после заголовка.
* [http://www.stat.lsa.umich.edu/~kshedden/Courses/Stat545/Notes/AffxFileFormats/cel.html Описание формата Affymetrix CEL].
* [http://www.mathworks.com/access/helpdesk/help/toolbox/bioinfo/ref/celintensityread.html celintensityread], функция чтения CEL в Matlab.
* [http://doc.bioperl.org/releases/bioperl-current/bioperl-microarray/Bio/Expression/MicroarrayIO/affymetrix.html Bio::Expression::MicroarrayIO::affymetrix] — парсер CEL для Perl’а.
=== Семейство MIAME ===
'''[http://www.mged.org/Workgroups/MIAME/miame.html MIAME]''' — аббревиатура для Minimum Information About a Microarray Experiment — «минимум информации об эксперименте на микрочипе». MIAME не является конкретным форматом, а лишь описывает, какую информацию должен включать уважающий себя эксперимент и, соответственно, уважающий себя формат, в котором передаются данные этого эксперимента.
Конкретные форматы включают в себя: [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/info/soft2.html SOFT] и [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/info/MINiML.html MINiML] ([http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/ GEO]'вские), [http://www.mged.org/Workgroups/MAGE/mage-ml.html MAGE-ML] и [http://www.mged.org/mage-tab/ MAGE-TAB] ([http://www.mged.org/ MGED]'шные).
MAGE-ML «не взлетел», ибо монструозен и на «минимум информации» претендовать может разве в качестве издёвки (DTD 150кб весит, для сравнения HTML strict 35кб). MAGE-TAB более молодой и простой, взлетит ли — посмотрим.
Банк данных [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/ Gene Expression Omnibus] использует свои форматы (правильно, они же не мазохисты) — SOFT и MINiML (второй произносится «м'''и'''нимал»). SOFT текстовый, а минимал — XML’ный. Данные при этом они содержат, по сути, одни и те же.
Минимал, как ни странно, действительно минимал, всё его описание влезает в несколько экранов. MINiML включает в себя всего три базовых типа объектов:
* «Platform» — описание эксперимента ([http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/info/depguide.html#DataTableGPL содержимое описания]).
* «Sample» — одна гибридизация.
* «Series» — данные эксперимента, включающие в себя несколько Sample’ов.
== Ссылки ==
* [[wikipedia:DNA microarray]] — статья про ДНК-микрочипы в английской Википедии.
* [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/ NCBI Gene Expression Omnibus], банк данных экспрессии генов.
* [http://www.bioconductor.org/overview/ BioConductor], система анализа микробиологических данных.
* [http://www.bepress.com/bioconductor/paper7/ Differential Expression with the Bioconductor Project] — статья о задаче выявления изменений экспрессии, возможных подходах к ней и их реализации с помощью [http://www.bioconductor.org/overview/ BioConductor]'а.
* [http://www.chemport.ru/chemical_encyclopedia_article_4451.html ЭКСПРЕССИЯ ГЕНА: статья из Химической энциклопедии]
[[Категория:Учёба]]
