13 521
правка
Изменения
м
→Семейство MIAME
'''[http://www.mged.org/Workgroups/MIAME/miame.html MIAME]''' — аббревиатура для Minimum Information About a Microarray Experiment — «минимум информации об эксперименте на микрочипе». MIAME не является конкретным форматом, а лишь описывает, какую информацию должен включать уважающий себя эксперимент и, соответственно, уважающий себя формат, в котором передаются данные этого эксперимента.
Конкретные форматы включают в себяформаты — это 2 [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/ GEO]'вских: [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/info/soft2.html SOFT] и , [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/info/MINiML.html MINiML] (, и 2 [http://www.ncbimged.nlm.nih.govorg/geo/ GEOMGED]'вские), шных: [http://www.mged.org/Workgroups/MAGE/mage-ml.html MAGE-ML] и , [http://www.mged.org/mage-tab/ MAGE-TAB] ([http://www.mged.org/ MGED]'шные).
MAGE-ML «не взлетел», ибо монструозен и на «минимум информации» претендовать может разве в качестве издёвки (DTD 150кб весит. Причина этого кроется в том, для сравнения HTML strict 35кбчто авторы его сильно любят UML и объектную ориентированность, что и привело к существованию 25 различных сущностей, связанных друг с другом различными отношениями (наследования и т. п.). MAGE-TAB более молодой и простой, тесктовый, взлетит ли — посмотрим, но есть подозрение, что тоже вряд ли, ибо содержит все те же данные, что и MAGE-ML (в конечном счёте всё маппится на объектный MAGE-OM), но в виде plaintext таблиц, форматированных Tab’ами (хоть бы [[rupedia:CSV|CSV]] выбрали, что ли - зачем велосипед). Масла в огонь подливает и то, что различные MAGE-TAB файлы могут выглядеть совершенно по-разному в зависимости от данных, которые содержат.
Банк данных [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/ Gene Expression Omnibus] использует свои форматы (правильно, они же не мазохисты) — SOFT и MINiML (второй произносится «м'''и'''нимал»). SOFT текстовый, а минимал — XML’ный. Данные при этом они содержат, по сути, одни и те же.